Ο Μαγκαφίνης γεννήθηκε στην Καβάλα και μεγάλωσε στον Πρίνο Θάσου όπου και ξεκίνησε την ποδοσφαιρική καριέρα του το 1984 από τον Άρη Πρίνου.
Ως προπονητής έχει εργαστεί μόνο σε ομάδες Γ’ και Δ’ Εθνικής από το 2002 και μετά, συγκεκριμένα σε, Θεαγένη Θάσου, Νέστο Χρυσούπολης, ΑΣ Λεωνιδίου, Ολυμπιακό Λουτρακίου, Ζάκυνθο, Α.Ο Πόρου, Παναργειακό, Διαγόρα Ρόδου, Κόρινθο, Αστέρα Μαγούλας, Ορφέα Ελευθερούπολης, Βυζάντιο Κοκκινοχώματος, ΑΕ Ερμιονίδας, Α.Ο Παλαιοχώρας Χανίων, ΑΕ Λευκίμμης, Τυληκράτη Λευκάδας, Αετό Οφρυνίου, Μ.Α Ορφανίου και Παναρκαδικό.
